Dabartinį miestą iš tiesų vertėtų vadinti Naujaisiais Trakais. Nors šioje vietoje gyvenvietės egzistavo dar I tūkstantmetyje prieš mūsų erą, tačiau „Trakų“ pavadinimas priklausė nuo 1337 metų rašytiniuose šaltiniuose minimiems dabar vadinamiems Seniesiems Trakams. Naujieji Trakai svarbiu LDK centru tapo kiek vėliau, maždaug 1375-aisiais kunigaikščiui Kęstučiui įsikūrus Trakų pusiasalio pilyje, kuri statyti buvo pradėta XIV a. antrajame ketvirtyje ar viduryje. Antroji, dabar garsi Trakų salos pilis buvo baigta statyti 1409 metais, tais pačiais metais Trakams suteiktos Magdeburgo teisės.
Trakai smarkiai susiję su karaimų bendruomene. Tiurkų grupei priskiriamos tautos žmones į Lietuvą atvežė Vytautas Didysis. Jiems suteiktos privilegijos, leista turėti savivaldą. Karaimai buvo apgyvendinti šiaurinėje Trakų dalyje. Per pirmąjį pasaulinį karą daug šios tautos žmonių evakavosi, bet vėliau grįžto atgal. Sovietų Sąjungai uždarius Vilniaus ir Panevėžio karaimų maldos namus, Trakų kenesa kuriam laikui buvo tapusi vienintele visoje Europoje karaimų šventove. Karaimams turėtume dėkoti už daugelio mėgstamą ir Lietuvoje stipriai išpopuliarėjusį patiekalą – kibinus, kurių Trakuose tikrai netrūksta.